在《淮南子》里可以看为道家新出的思想便是阴阳五行说。卫生保身是生活的问题，而阴阳五行为宇宙问题。在战国末年道家都信阴阳五行之说。“阴阳”这名词初见于《老子》，其次为《易系辞传》，《荀子》，《庄子》，《韩非子》，《吕氏春秋》，凡战国末年所出的书没有不见这两字的。《荀子·王制篇》：“相阴阳，占祲兆，钻龟陈卦，主禳择五卜，知其吉凶妖祥，伛巫跛击之事也。”在那时的巫觋已能采用阴阳说，足见此说流布的广。《史记·孟子荀卿传》说邹衍说阴阳，衍为西纪元前三世纪的人物，在《孟子》里未见‘阴阳’这辞，可知在孟子时代，这说还不流通，到荀子时代便大行了。后来的儒家甚至也多采用阴阳说。在战国末或汉初所成的《易说卦传》有“立天之道，曰阴与阳；立地之道，曰柔与刚；立人之道，曰仁与义。”及“分阴分阳，迭用柔刚”的文句，是以仁义配阴阳。或者孟子还尊孔子的不问闻天道，故单说仁义，但在一般的儒家在宇宙论上已采用了阴阳说，如《礼记乐记》与《乡饮酒义》都以阴阳配仁义。汉代于仁义礼智四端加入信的一端，以配五行，于是阴阳与五行二说结合起来。但儒书里也有单采五行说的。如《洪范》庶徵中说五行而不说阴阳是一个例。《洪范》的体裁很像战国末年的作品，为《尚书》中最新的一部，大概这书也是注重人生方面，所以忽略了宇宙论的阴阳说罢。自战国末至汉初，阴阳说渐流行，甚至用来配卦占筮。对于礼的解释也采用阴阳说《礼记》中附会阴阳的如《郊特牲礼器》，《祭统》，《儒行》，《乡饮酒义》等，都是。《大戴记》及《韩诗外传》亦多见阴阳说，董仲舒的思想也是阴阳化的政治论，此外《墨子》，《管子》，《韩非》都有为后学所加的阴阳说；道家的著作中说阴阳越多的，年代越后。《庄子》的《德充符》，《在宥》，《天地》，《天道》，《天运》等，多半受阴阳说的影响。《庄子》里越晚的篇章，阴阳这两字越多见。《淮南》里头，阴阳思想更属重要。我们可以说阴阳说流行始于西历纪元前约三世纪之初，而盛于汉代。《吕氏春秋》十二月纪的二，三，七，八月，《仲夏纪》的《大乐篇》，《季夏纪》的《音律篇》，等，都有‘阳气’‘阴气’的名辞。阴阳是属于气的，《庄子·则阳》有“大地者，形之大者也；阴阳者，气之大者也”的话，《淮南天文训》“天地之袭精为阴阳，阴阳之专精为四时，”高诱注“袭合也，精气也。”《庄子·大宗师》。《淮南子·叔真训》《傣族训》等篇有‘阴阳之气’的语，通常学说‘阴阳’便够了。宇宙是形质或精气所成，故《吕氏春秋·有始》说，“阴阳材物之精”，《易》，《系辞传》也有‘精气为物’的文句。气有阴阳，而此阴阳与物质的关系如何就不很明了。在宇宙里，有明暗，昼夜，男女，等等相对的差别，从经验上说，别为阴阳，本无何等标准，但到后来一切生与无生物都有了阴阳的差别。有时以积极和消极的现象为判别阴阳的标准，例如《天文训》说：“积阳之热气生火，火气之精者为日，积阴之寒气为水，水气之精者为月。”
气，从超越阴阳的现象说，为万象的根元。这气也名为精，是万物所共具，在《吕氏春秋·正月纪》，《十月纪》，《十一月纪》里有“天气”，“地气”，《二月纪》有“寒气”，“暖气”，《义赏篇》有“春气”，“秋气”，《应同篇》有五行之气，这都是超越性质的气。万物得这气才能把各个的精彩或特点显示出来。《吕氏春秋·季春纪尽数》说：“精气之集也，必有入也。集于羽鸟，与为飞扬；集于走兽，与为流行；集于珠玉，与为精朗；集于树木，与为茂长；集于圣人，与为象明。”气在物体里头，无论是生物或无生物，都能发挥其机能或能力，故一切各有其特殊的气。从性质说，气有阴阳的分别。但这分别毫不含有伦理的或宗教的意义。鬼神，男女，善恶，生死，等等，虽有阴阳的差异，在起头并没有什么轻重。在《淮南子》时代，对于宇宙生成的神话好像有两种，一是天地剖判说，一是二神混生说。前一说是混沌初开，气轻清者为天，气重浊者为地的见解，《诠言训》说：“洞同无地，混沌为朴，未造而成物，谓之太一，同出于一，所为各异。有鸟，有鱼，有兽，谓之分物。方以类别，物以群分，性命不同，皆形于有，隔而不通，分而为万物，莫能及宗。”宇宙一切的事物都从太一剖判出来，故阴阳是从太一或太极分出的。《吕氏春秋·仲夏纪大乐》说：“太一出两仪，两仪出阴阳；”又说：“万物所出，造于太一，化于阴阳；”《易·系辞传》也说，“易有太极，是生两仪”。《礼记》《礼运》说，“夫礼本于太一，分而为大地，转而为阴阳，变而为四时，列而为鬼神”。这虽是解释《荀子》里的话，却也源于道家的名词。这‘一’字是道家所常用，有浑沌的意思。《天文训》说：“大地未形，冯冯翼翼，洞洞灟灟，故曰太昭。道始于虚弢，虚弢生宇宙，宇宙生气，气有涯垠，清阳者薄靡而为天，重浊者凝滞而为地。清妙之合专易，重浊之凝竭难，故天先成而地后定。天地之袭精力阴阳，阴阳之专精为四时；四时之散精为万物。积阳之热气生火，火气之精者为日，积阴之寒气为水，水气之精者为月。日月之淫为精者为星辰。天受日月星辰；地受水潦尘埃。”二神混生说，如《精神训》说，“古未有天地之时惟像无形，窈窈冥冥，芒艾漠闵，项蒙鸿洞，莫知其门。有二神混生，经天营地，孔乎莫知其所终极，滔乎莫知其所止息，于是乃别为阴阳，离为八极，刚柔相成，万物乃形。烦气为虫，精气为人。是故精神，天之有也；而骨骸者，地之有也。精神入其门，而骨骸反其根，我尚何存？是故圣人法天顺情，不拘于俗，不诱于人，以天为父，以地为母，阴阳为纲，四时为纪。天静以清，地定以宁，万物失之者死，法之者生。”高诱注，“二神，阴阳之神也，混生，俱生也。”这是阴阳二气，至于男女两性，在《淮南》别篇里还有一个化生者。《说林训》说：“黄帝生阴阳；上骈生耳目，桑林生臂手；此女娲所以七十化也。”女娲七十化不详。黄帝，高诱注说，“古天神也。始造人之时，化生阴阳。上骈，桑林皆神名。”相传女娲也摶土为人，依这里的说法，两性是黄帝所化生。个人身中也有阴阳，最主要的便是魂魄。《主术训》说，“天气为魂，地气为魄，反之元房，各处其宅。守而勿失，上通太一。太一之精，通于天道。天道元默，无容无则，大不可极，深不可测，尚与人化，知不能得。”《彖系辞传》，“一阴一阳之谓道”，也是一样的意思。
阴阳在创物的事功上有同等的地位。一切事物都具有这二气，故《荀子·礼论》说，“天地合而万物生，阴阳接而变化起。”《易》的八卦互合而为六十四卦也是本着这个原则而来。阴阳相互的关系有并存的与继起的两种。并存说是从生物上两性接合的事情体会出来，如上头所引《礼论》的文句，便是这个意思。《吕氏春秋正月纪》，《易》泰卦《彖传》，《淮南本经训》等，都有天气下降，地气上腾，天地和合而后万物化生的见解。阴阳的感应有同类相引，异类相合的现象。《吕氏春秋·审分览》《君守》说，“以阳召阳，以阴召阴，”览冥训》说，“阴阳同气相动”，是相引的现象。《览冥训》又说，“至阴啗啗，至阳赫赫，两者交接成和而万物生焉。众雄而无雌，又何化之所能造乎？”这是异类相合的说法。继起说以阴阳性质相反恰如男女，故时常规出调和与争斗的现象。阴阳二气有这现象，才有生出万物，若二气配合则极平等，万物便没有特别的性质，一切都成一样了。《韩非解老》说，“凡物不并盛，阴阳是也。”这恐怕是汉初的说法。又，阴阳有动静开闭的现象，如《庄子·天道》及《刻意》说，“静与阴同德，动与阳同波。”《原道训》也说，“与阴俱闭，与阳俱开。”故动是阳的，静是阴的，开是阳的，闭是阴的。动静开闭不能并存，故有继起，与相胜的现象。《吕氏春秋·仲春纪》说仲春行冬令则阳气不胜。注说因为阴气乘阳，故阳气不胜。阴阳在四时的次序上有一定的配置，时令不依次序则阴阳气必因错乱而相争斗。仲夏与仲冬是阴阳相争的月分，一年之中二气的强弱都从这两个月分出来。昼夜的循环，寒暑的更迭，便是阴阳继起的关系。这也可以名为阴阳消长说。《月令》与《吕氏春秋·十二月纪》便是本著这观念而立的说法。在《荀子·天论》里已有消长的观念，如“列星随旋，日月递照，四时代御，阴阳大化，风雨博施，万物各得其和以生，各得其养以成”，便是这说法。这思想是战国末年成立的思想。阴阳消长与时间变化的关系，大概是由于生物现象由发生以至老死的观念所暗示。动的，生的，属于阳。静的，死的，属于阴，故生物在时间上有阴阳的分别。《吕氏春秋·季春》《纪圆道》说：“物动则萌，萌则生，生则长，长则大，大而成，成乃衰，衰乃杀，杀乃藏，圆道也。”显明表示生物在时间上有动静的现象。《恃君览·知分篇》说得更明白：“夫人物者，阴阳之化也。阴阳者，造乎天而成者也。天固有衰廉废伏，有盛盈贫息，人亦有困穷屈匮，有充实达遂。此皆天之容物理也，而不得不然之数也。”
阴阳说本与道家思想不很调和，道家把它与自然无为连结起来，成为本派的宇宙观。《庄子·知北游》说，“阴阳四时，运行各得其序”与《天运》的“调理四时，太和万物，四时迭起，万物循生，一盛一衰，文武经纶，一清一浊，阴阳调和”都是与无为结合起来的说法。《原道训》的“和阴阳，节四时，而调五行”，也是从无为的观点说。四时的运行是因阴阳的变化，如《庄子·则阳》说，“阴阳相照，相盖，相治；四时相代，相生，相杀”，都是道的表现。道家承认事物变化的现象，但对于变化的理由与历程自派却没有说明，只采阴阳说来充数。《椒真训》起首说阳阴未分的境地，与《诠言训》所说的太一，究竟是将阴阳化生万物的说法附在道上头。《本经训》说：“帝者体太一，王者法阴阳，霸者则四时，君者用六律。秉太一者，牢宠天地，弹压山川，含吐阴阳，伸曳四时，纪纲八极，经纬六合，覆露照导，普汜无私，㨘飞蠕动，莫不仰德而生。阴阳者承天地之和，形万殊之体，含气化物，以成埒类，赢缩卷舒，沦于不测，终始虚满，转于无原。四时者春生，夏长，秋收，冬藏；取予有节，出入有时；开阖张歙，不失其叙；喜怒刚柔，不离其理。六律者，生之与杀也，赏之与罚也，予之与夺也，非此无道也，故谨于权衡准绳，审乎轻重，足以治其境内矣。是故体太一者；明于天地之情；通于道德之伦；聪明耀于日月；精神通于万物；动静调于阴阳；喜怒和于四时；德泽施于方外；名声传于后世。法阴阳者：德与天地参；明与日月并；精与鬼神总；戴圆履方，抱表怀绳；内能治身，外能得人；发号施令，天下莫不从风。则四时者，柔而不脆，刚而不墈斓，宽而不肆，肃而不悖，优柔委从，以养群类，其德含愚而容不肖无所私爱。用六律者：伐乱禁暴；进贤而退不肖；扶拔以为正；坏险以为平；矫枉以为直；明于禁舍开闭之道，乘时因势，以服役人心也。”这又是把太一，阴阳，四时，六律，顺序配合帝王霸君统治下的四等政治，显然是太一高于阴阳，阴阳高于四时，四时高于六律的意思。六律或者包括礼乐在内。从生的程序看来，万物皆从一而生。被疑为后来补入的《老子》四十二章的“道生一，一生二，二生三，三生万物”和“万物负阴而抱阳，冲气以为和”，在《天文训》里解说，“道始于一，一而不生，故分而为阴阳，阴阳和合而万物生。故曰，一生二，二生三，三生万物”。《淮南子》里也未解明为什么是这样生法。
在阴阳说上，道家采用来说明性情的是属于阴静的一点，万物变化为无思无虑无欲无为的自然历程，故应守以虚静。《说林》说，“圣人处于阴，众人处于阳。”阳是活动，活动是有所作为，故圣人不处。此外与养生说也有关系。生所以能和顺是因阴阳的调和。《傣族训》说，“阴阳和而万物生”，《俶真训》说，“圣人呼吸阴阳之气，而群生莫不锞锞然仰其德以和顺”。嗜欲情感不要过度。因为这和自然现象里的四时不调和一样足以伤身害生。四时不调，必有灾异；情欲不和，必有疾病；这都是阴，阳不调和所致。阴阳现象本无何等善恶的关系，后人以善属于阳，恶属于阴，是不合道家思想的。