蔡孑民答林琴南书云：“琴南先生左右，于本月十八日《公言报》中得读惠书，索刘应秋先生事略，忆第一次奉函时，曾抄奉赵君原函，恐未达览，特再抄一通奉上，如荷题词，甚幸。
公书语长心重，深以外间谣诼纷集为北京大学惜，甚感。惟谣诼必非实录，公爱大学，为之辨正可也。今据此纷集之谣诼而加以责备，将使耳食之徒，益信谣诼为实录，岂公爱大学之本意乎？原公之所责备者不外两点，一曰，覆孔孟，铲伦常，二曰，尽废古书，行用土语为文字。请分别论之。
对于第一点，当先为两种考察。甲，北京大学教员曾有以覆孔孟铲伦常教授学生者乎？乙，北京大学教授曾有于学校以外，发表其覆孔孟铲伦常之言论者乎？
请先察覆孔孟之说。大学讲义涉及孔孟者，惟哲学门中之中国哲学史，已出版者为胡适之君之中国上古哲学史大纲，请详阅一过，果有覆孔孟之说乎？特别讲演之出版者有崔怀瑾君之《论语足征记》《春秋复始》。哲学研究会中有梁漱溟君提出‘孔子与孟子异同’问题，与胡默青君提出‘孔子伦理学之研究’问题。尊孔者多矣，宁曰覆孔？
若大学教员于学校以外，自由发表意见，与学校无涉，本可置之不论，当姑进一步而考察之，则惟《新青年》杂志中，偶有对于孔子学说之批评，然亦对于孔教会等托孔子学说以攻击新学说者而发，初非直接与孔子为敌也。公不云乎？‘时乎井田封建，则孔子必能使井田封建一无流弊，时乎潜艇飞机，则孔子必能使潜艇飞机，不妄杀人。卫灵问阵，孔子行，陈恒弑君，孔子讨。用兵与不用兵，亦正决之以时耳。’使在今日，有拘泥孔子之说，必复地方为封建，必以兵车易潜艇飞机，闻俄人之死其皇，德人之逐其皇，而曰必讨之，岂非昧于时之义，为孔子之罪人，而吾辈所当排斥者耶？
次察铲伦常之说。常有五，仁义礼智信，公既言之矣。伦亦有五，君臣父子兄弟夫妇朋友，其中君臣一伦不适于民国，可不论。其他父子有亲，兄弟相友，（或曰长幼有序，）夫妇有别，朋友有信，在中学以下修身教科书中详哉言之。大学之伦理学涉此者不多，然从未有以父子相夷，兄弟相阋，夫妇无别，朋友不信，教授学生者。大学尚无女学生，则所注意者自偏于男子之节操。近年于教科以外，组织一进德会，其中基本戒约，有不嫖不娶妾两条。不嫖之戒，决不背于古代之伦理，不娶妾一条则且视孔孟之说之尤严矣。至于五常，则伦理学中之言仁爱，言自由，言秩序，戒欺诈，而一切科学皆为增进知识之需，宁有铲之之理欤？
若大学教员既于学校之外，发表其铲伦常之主义乎，则试问有谁何教员，曾于何书何杂志，为父子相夷，兄弟相阋，夫妇无别，朋友不信之主张者？曾于何书何杂志，为不仁不义不智不信及无礼之主张者？公所举斥父为自感情欲，于己无恩，谓随园文中有之。弟则忆《后汉书》孔融传，路粹枉状奏融有曰：‘前与白衣祢衡跌荡放言，云父之于子，当有何亲，论其本意，实为情欲发耳，子之于母亦复奚为，譬如寄物瓶中，出则离矣。’孔融祢衡并不以是损其声价，而路粹则何如者。公能指出谁何教员，曾于何书何杂志，述路粹或随园之语，而表其极端赞成之意者？且弟亦从不闻有谁何教员，崇拜李贽其人而愿拾其唾余者，所谓武曌为圣王，卓文君为贤媛，何人曾述斯语，以号于众，公能证明之欤？
对于第二点，当先为三种考察。甲，北京大学是否已尽废古文而专用白话？乙，白话果是否能达古书之义？丙，大学少数教员所提倡之白话的文字，是否与引车卖浆者所操之语相等？
请先察北京大学是否已尽废古文而专用白话。大学预科中有国文一课，所据为课本者，曰模范文，曰学术文，皆古文也。其每月中练习之文，皆文言也。本科中国文学史，西洋文学史，中国古代文学，中古文学，近世文学，又本科预科皆有文字学，其编成讲义而付印者，皆文言也。于《北京大学月刊》中，亦多文言之作。所可指为白话体者，惟胡适之君之中国古代哲学史大纲，而其中所引古书，多属原文，非皆白话也。
次考察白话是否能达古书之义。大学教员所编之讲义固皆文言矣，而上讲坛后决不能以背诵讲义塞责，必有赖于白话之讲演，岂讲演之语必皆编为文言而后可欤？吾辈少时读《四书集注》《十三经注疏》，使塾师不以白话讲演之，而编为类似集注类似注疏之文言以相授，吾辈岂能解乎？若谓白话不足以讲《说文》，讲古籀，讲钟鼎之文，则岂于讲坛上当背诵徐氏《说文解字系传》，郭氏《汗简》，《薛氏钟鼎款识》之文，或编为类此之文言而后可，必不容以白话讲演之欤？
又次考察大学少数教员所提倡白话的文字，是否与引车卖浆者所操之语相等。白话与文言形式不同而已，内容一也。《天演论》，《法意》，《原富》等，原文皆白话也，而严幼陵君译为文言。小仲马，迭更司，哈葛德等所著小说，皆白话也，而公译为文言。公能谓公及严君之所译，高出于原本乎？若内容浅薄，则学校报考时之试卷，普通日刊之论说，尽有不值一读者，能胜于白话乎？且不特引车卖浆之徒而已，清代目不识丁之宗室，其能说漂亮之京话，与《红楼梦》中宝玉黛玉相埒，其言果有价值欤？熟读《水浒》《红楼梦》之小说家，能于《续水浒传》《红楼复梦》等书以外，为科学哲学之讲演欤？公谓‘《水浒》《红楼》作者均博极群书之人，总之非读破万卷，不能为古文，亦并不能为白话’。诚然，诚然。北京大学教员中善作白话文者，为胡适之，钱玄同，周启孟诸公。公何以证知为非博极群书，非能为古文，而仅以白话文藏拙者？胡君家世从学，其旧作古文虽不多见，然即其所作《中国哲学史大纲》言之，其了解古书之眼光，不让于清代乾嘉学者。钱君所作之文字学讲义学术文通论，皆古雅之古文。周君所译之域外小说，则文笔之古奥，非浅学者所能解。然则公何宽于《水浒》《红楼》之作者，而苛于同时之胡钱周诸君耶？
至于弟在大学，则有两种主张如左：一，对于学说，仿世界各大学通例，循‘思想自由’原则，取兼容并包主义，与公所提出之‘圆通广大’四字颇不相背也。无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。此义已于《月刊》之发刊词言之，抄奉一览。
二，对于教员，以学诣为主，在校讲授以无背于第一种之主张为界限。其在校外之言动悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指为罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。嫖赌娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾挟妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。譬如公曾译有《茶花女》，《迦茵小传》，《红礁画桨录》等小说，而亦曾在各学校讲授古文及伦理学等，使有人诋公为以此等小说体裁讲文学，以狎妓奸通争有夫之妇讲伦理者，宁值一笑欤？然则革新一派即偶有过激之论，苟于校课无涉，亦何必强以其责任归之于学校耶？此复，并候著祺。八年三月十八日，蔡元培敬启。”
此外还有一封致《公言报》的信，其词曰：“《公言报》记者足下，读本月十八日贵报，有《请看北京大学思潮变迁之近状》一则，其中有林琴南君致鄙人一函，虽原函称不必示覆，而鄙人为表示北京大学真相起见，不能不有所辨正，谨以答林君函抄奉，请为照载。又贵报称陈胡等绝对菲弃旧道德，毁斥伦常，诋排孔孟，大约即以林君之函为据，鄙人已于致林君函辨明之。惟所云主张废国语而以法兰西文字为国语之议，何所据而云然？请示覆。”结果是《公言报》并无什么答复。